学院基础医学教育史可以追溯到1934年建校初期，当时即已开设立了由王仲侨和陈友浩主持的解剖学、姚荷生主持的生物学、童志清和孙宗彭主持的生理学、徐佐夏主持的药理学、褚葆真主持的细菌学、洪式闾主持的寄生虫学、金泽忠主持的病理解剖学、林几主持的法医学、陈邦贤主持的医学史等。在抗日战争时期，又先后开设了物理、数学、化学、外语、体育等课程，授课对象是卫生行政科、医科、卫生教育科、卫生特别训练班的学生。
1953年—1954年间，受卫生部和华东卫生部委托，在寄生虫学科和微生物学科的基础上学校承办了公共卫生医师“血吸虫病防治训练班”、寄生虫学和微生物学中级师资班。1955年，在教育思想、教学内容、教学方法和组织制度等全面学习前苏联模式，制定教学计划、进行讲课和实验的示教、组建教研组等。解剖学科创造了连续层次解剖图创造人体层次解剖法，提高了教学质量。1956年，寄生虫学科在对晚期血吸虫病的治疗研究取得了重大成果，受到卫生部的重视，成果在全国推广，寄生虫学教授赵慰先成为中共中央防治血吸虫病九人小组成员之一。同年，寄生虫学、法医学教研组各招收了一名副博士研究生。从1956年9月开始，学院由镇江迁移南京，1957年12月底，迁校工作基本结束。
