1956年，随着学校整体迁移，办学规模的进一步扩大，学校各项事业都得到了快速发展，同时，学校管理能级也需要进一步延伸。1958年初，经学校研究决定，并报上级批准，成立了基础医学部，刘燕公兼任部主任，王春元任支部书记。基础医学部成立之初由16个教研组和1个部办公室组成，即生物学教研组、解剖学教研组、组织胚胎学教研组、生理学教研组、生物化学教研组、药理学教研组、微生物学教研组、寄生虫学教研组、病理解剖学教研组、病理生理学教研组、法医学教研组、医学史教研组、数理教研组、化学教研组、外国语教研组、体育教研组。时有教授4名，副教授10名，讲师32名。
基础医学部的主要任务是负责全校的公共课和专业基础课的教学工作，并积极开展科研活动。由于基础医学部各学科都是在建校初期就成立了，因此都具有良好的教学和科研基础。这段时间，基础医学部还处于调整组合阶段，在教学上，修订教材，积极开展教学法研究，筹建学生实验室；在科研上，组建研究室和科研组，加强横向、纵向联系。1958年，生物和化学教研组合并为医用化学教研组，生物和组织胚胎教研组合并为医用生物学教研组，病理解剖和病理生理教研组合并为病理学教研组，传染病学、寄生虫学、微生物学教研组合并为传染病学教研组，1960年又重新拆分为原先的教研组。在人才培养上，受中央卫生部委托，解剖学、组织胚胎学、生理学、药理学、微生物学、寄生虫学、病理解剖学、病理生理学继续举办中级师资和高级师资训练班。1962年12月，人体解剖学、寄生虫学各招生了1名3年制研究生。基础医学部进入了调整和发展时期。
